El conjunto monástico de San Pelayo se funda legendariamente en época del rey Alfonso II el Casto (791-842) bajo la advocación de San Juan Bautista, aunque el nombre de San Pelayo se emplea desde la llegada de sus reliquias en el año 994. La arquitectura conservada hasta la actualidad empieza por la iglesia, edificada entre 1592 y 1601. Se trata de la primera obra perteneciente a la reforma de la estructura medieval preexistente en el monasterio, que fue llevada a cabo entre finales del siglo XVI y comienzos del XVIII en clave barroca.